于是官员们正式执行皇帝的诏令，将传教士“请”回北京，意思是他们可以公开活动了。这件事对所有人来说都是一场戏，他们也都知道这是在表演，但都必须演下去。就这样，帝国的最高官员（叶向高、张问达、孙承宗、李之藻）变成了一群演滑稽戏的小丑，一切都只为给皇帝圆个谎。天启五年（1625），离职之后的孙承宗帮助传教士恢复了在北京的住处，第一次教难正式落幕。
见《一代巨人：明末耶稣会士在中国的故事》。
于是，在明朝已经国难当头的时候，一方面，由于袁崇焕的离职，最需要的军事技术的引进陷入停滞；另一方面，传教工作进入了快速发展期。很快，耶稣会在山西、陕西、福建（得益于辞官回籍的叶向高）等地发展起来，在当时十五个省中的七个建立了九个永久性的分会。在国内，一共有十八名传教士，中国籍的辅助传教士也出现了，共有六人获得了这个资格。