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我们无法从DNA的序列推断出蛋白质会被如何修饰。

●在所有的蛋白质中，我们只了解大约一半蛋白质的功能或结构。有人把其余的蛋白质称为“暗蛋白”：我们认为它们都有特定的功能，却不清楚这些功能究竟是什么。

●很多蛋白质似乎缺乏明确的三维结构，它们的结构松散而且不稳定，被称为“固有无序蛋白”（intrinsically disordered protein）。对这些蛋白质生物学功能的研究是当今生物学研究的一大热点。一些学者认为，这些蛋白质在细胞内的结构可能并不松散，但还没有人可以证明这一点。

我们越往细想，疑问就会越多。基因究竟是不是生物的根本呢？

这个问题要分情况来讨论。由A、T、C、G四种核苷酸构成的基因组序列确实决定了生物的物种。根据DNA的序列，你可以分辨出一个细胞是来自一个人、一条狗还是一只老鼠（你很难通过观察细胞的形态来做出这样的区分）。这些物种DNA序列的差异通常只表现在一小部分关键序列上：人和黑猩猩的基因组只有1%的序列差异，而人的基因组序列中有三分之一与蘑菇的基因组相同。 [24] 人和人之间在基因组上的差异就更小了。

看着一份图纸或者说明书，我们就可以搞清楚要组装的物体是什么样子，但只看基因组却做不到这一点。比如，想要知道一份未知的基因组序列是不是来自狗的基因组，你必须首先有一份狗的基因组序列，并把未知序列和狗的基因组序列进行比对，看看两份序列是否相符，基因组序列本身并不能告诉你这是不是狗的基因组序列。

我们无法从基因组序列本身推断出物种，并不是因为我们对基因组还不够了解（当然我们的了解确实还比较有限），而是因为基因序列中存储的信息与生物体的结构和性状并没有直接的关系（就像我们在本书前文中提到的那样，基因的序列只能决定蛋白质分子的结构，或者说组成蛋白质的氨基酸的排列顺序）。虽然很难简单地把大多数蛋白质的功能与生物体的某一种性状联系起来，但我们还是能发现一些这样的关联