明朝政府发现其中的问题之后，对日本的贡品大幅度压价，甚至只给到日本希望价格的六分之一，同时规定日本不得频繁进贡，每十年进贡一次，每次只允许两艘船、两百人。对于其他国家，明朝政府往往规定两到三年一贡，对日本的单独规定显然是一种严厉的惩罚。
见《续文献通考》卷二六：“嘉靖二年罢市舶司。时日本使宗设、宋素卿分道入贡，互争真伪，市舶中官赖恩纳素卿贿，右素卿，宗设遂大掠宁波。给事中夏言言：倭患起于市舶，遂罢之。市舶既罢，日本海贾往来自如。海上奸豪与之交通，法禁无所施，转为寇贼。”
由于正常的贸易被帝国政府的粗暴规定打断，日本随即对中国的沿海地区展开了贸易和海盗攻势，中国进入倭寇频发期。见《续文献通考》卷二六：“嘉靖二年罢市舶司。时日本使宗设、宋素卿分道入贡，互争真伪，市舶中官赖恩纳素卿贿，右素卿，宗设遂大掠宁波。给事中夏言言：倭患起于市舶，遂罢之。市舶既罢，日本海贾往来自如。海上奸豪与之交通，法禁无所施，转为寇贼。”这进一步刺激了政府，皇帝只能隔三岔五地重申禁海令，禁止百姓下海贸易，导致了明朝对外贸易的进一步萎缩。
比如，永乐初期，西洋剌泥国的商人哈只马哈没奇前来“朝贡”时，带来了胡椒与当地贸易。这时有人提议对这些贸易征税。永乐皇帝却认为：“商税不是为了让国家赚钱，而是为了抑制商人的发展。外国人既然仰慕中国来到这里，就应该允许他们赚点钱。”这样的方式导致明朝政府一直无法建立正常的商业贸易和税收体系。见《明史·食货志》