由于浙江和福建地区面临的国际形势比广州地区简单，因此对于护岸舰队的维护并不好。随着明朝中期的怠政，皇帝已经拿不出足够的经费维持良好的舰队了，缉私船十不存一，根本无力应对来自海外的挑战。
沿海地区的居民也是欢迎葡萄牙人到来的。葡萄牙人带来了胡椒、苏木、象牙、麝香、沉香、檀木和其他香料，价格便宜；同时，他们也从老百姓手里购买吃喝物品，包括粮食和肉禽，他们给的价格通常是平常价格的两倍。官员们对此大都睁一只眼闭一只眼，即便他们想管，商人、小贩甚至一些官吏也会向葡萄牙人通风报信，让管理无法落实。
嘉靖二十一年（1542），事情再次起了变化。这一年，葡萄牙人发现了日本，与之直接接触，之后葡萄牙人成了中日贸易的中间商。由于他们获得了日本的贸易许可，同时又能与明朝商人进行半地下的贸易，所以他们在中日之间建立了中转贸易