朱纨的做法并不是没有反对声音，在浙江和福建，当地的商人由于做不成生意，对他的意见很大。这些意见通过乡绅与官场的联结，最终传到远在北京的朝堂之上。朱纨的政敌陈九德乘机告了他一状，奏他滥杀无辜。
明朝的法律是一个奇特的混合体：一方面草菅人命，官员在审判阶段就可以通过刑讯将人打死；另一方面皇帝又表现得非常珍惜人命，任何判决之后的死刑案件，在执行之前都必须经由中央确认，只有刑部同意了才能杀。而朱纨一次性就杀害了九十六人，且没有经过正常备案手续，显然构成滥杀罪。
当时只有一种方法可以免除他的责任，那就是必须证明他杀的人犯有反叛罪，包括僭号、流劫等。如果能够证明有上述情形，就相当于发生了外国对明朝的入侵和战争，而在战争中的杀戮当然是可以被理解的。