说到最后，事情又回到了起点：这些人到底是不是所谓的来攻打明朝的佛郎机国王？
见《十六世纪中国南部行纪》中的《中国志》第二十五章。
皇帝首先停了朱纨的职务，然后派两个钦差下来，分别是给事中杜汝祯和巡按御史陈宗夔。二人到达后开始提审。葡萄牙人记载的明朝的提审手续非常完备：首先，两位大臣并不在一起提审，而是一个审被告时，另一个人就审原告；然后，把口供放在一起对比，寻找不一致的地方，进行推敲或者再审；最后，还要去现场查勘，获得更真实的证词。见《十六世纪中国南部行纪》中的《中国志》第二十五章。
通过一系列的审讯，两位钦差最终认定：这只是一起走私事件，没有所谓的葡萄牙国王。
见《明史》本传：“吾贫且病，又负气，不任对簿。纵天子不欲死我，闽、浙人必杀我。吾死，自决之，不须人也。”
根据钦差的意见，皇帝下诏抓了朱纨。朱纨早已知道自己的结局，他慷慨流涕，说道：“我又穷又病，为人又太骄傲，不甘心与人对簿公堂。就算皇帝不想让我死，闽浙地方的人也必然杀我。我死也要自己死，不需要别人动手！”见《明史》本传：“吾贫且病，又负气，不任对簿。纵天子不欲死我，闽、浙人必杀我。吾死，自决之，不须人也。”于是他作了一首绝命词，服毒自尽。