对于菲律宾，西班牙不准备放弃。自从1519年到1522年的麦哲伦航行之后，西班牙便一直对菲律宾很感兴趣。1545—1548年，西班牙在墨西哥和秘鲁发现了银矿，他们花了二十年时间经营这些矿产，在此期间将兴趣转离了亚洲。
但银矿的开发又让西班牙更需要在亚洲获得一个据点，以便在欧洲之外拥有另一个倾泻白银的地方。1564年，西班牙人再次从美洲出发，开始探索亚洲。1565年4月，他们到达菲律宾宿务，在那里建立了据点。之后，西班牙人盯上了马尼拉所在的吕宋岛。吕宋岛是菲律宾群岛中最繁华的岛屿，这里除了土著居民，还有许多参与海外贸易的中国人居住，他们大多来自福建。由于这里产黄金，加上日本商船也会定期带着白银过来，使得吕宋岛成了一个繁荣的贸易点。
1570年，西班牙人将大本营从宿务迁到班乃岛，并派人前往吕宋岛打探。1571年4月15日，西班牙人离开班乃岛前往吕宋岛，并于5月轻松占领了马尼拉。