但在荷兰，人们对哈布斯堡家族的统治并不满意，特别是北方地区。这源于荷兰本身的南北差异，北方靠近海洋，注重发展贸易，而南方地区则注重发展工业。到了宗教改革时期，北方贸易地区自然选择了对商业更加友好的新教，而南方则和哈布斯堡家族一样保留了天主教信仰。
此时也是三十年战争的结束。荷兰独立见《海洋帝国的崛起：尼德兰八十年战争，1568—1648》。
双方的冲突导致从1568年起，北方在奥兰治亲王的领导下开始反叛西班牙。这场反叛导致了南北双方的分离：南方天主教地区于1579年单独与西班牙媾和，变成后来的比利时；而北方新教地区（七个省份）于1588年宣布独立，宣布七省联合，这就是“尼德兰联省共和国”（即荷兰共和国）这个名称的来历，并成为比美国早了两百年的共和实验。荷兰共和国与西班牙的战争断断续续，直到1648年才结束，双方签订了《明斯特和约》，承认联省的独立性。