沈有容与荷兰人接洽，此人在会见荷兰人时，拒绝了他们的贸易请求。荷兰人最后不得不离开澎湖。他们离开后，中国方面将帮助荷兰人的几位中国商人斩杀。
这只是荷兰人第一次占据澎湖。之后他们攻破了葡萄牙人占据的摩鹿加群岛，将这个香料产地据为己有。他们借助摩鹿加的基地，再次前往中国寻求贸易机会。这次他们占据了台湾，并以台湾为基地，再次来到澎湖并修筑了堡垒。澎湖的官员害怕承担责任，表示他们必须离开澎湖，拆掉堡垒，才准予贸易。天启三年（1623），荷兰人听从指示，拆毁了堡垒。
见《明史·和兰传》。
荷兰人的配合并没有换来贸易机会，澎湖的官员失信了。于是荷兰人又回来第三次占领澎湖，并与明朝军队发生了冲突。他们被围困，最后被迫突围离开