与第一周期一样，有格式化就必然有反叛，明朝中期（恰是葡萄牙第一次派使节的时期）的王阳明创立的心学就是这样的反叛。王阳明本人对明朝的贡献主要是军事上镇压了宁王反叛，但他对后世的贡献则是发展出一个哲学流派——“心学”。他首先否认了“天道”的存在，反而求诸人的内心，认为即便有真理，也只存在于每个人的心中，因此，人们不需要外在的天道，只需要遵循自己的内心就行。这就把制度强行束缚人的合法性去掉了，政权不代表对错和真理，人类心中的那团火才是对的，才是真理。
王阳明的心学把选择权还给了每个具体的人，对当时的社会思潮有很大的影响。首先，明朝南方由于商品经济的发展，出现了一种摆脱政治压迫的世俗化风潮，以泰州学派的王艮和李贽等人为代表，发展出一种完全符合市民阶层的世俗化思想；其次，人们不再随政权的起伏而悲伤欢喜，更加愿意随心所欲地过日子，否定那些外界强加的约束。
瞿太素所表现出的作风，恰是受到心学影响之后的结果。
心学的发展与物质主义的结合，除了产生瞿太素这样的“怪人”之外，还产生了包括《金瓶梅》这样惊世骇俗的著作