万历十一年（1583），他到达肇庆。这座城市是当时的两广总督府所在地，也是两广总督下辖的岭西道的行政所在。现代的官员大都深居简出，普通百姓想见到基本上是不可能的。但在明朝，百姓想见到官员要容易得多，更何况作为尚书之后的瞿太素。然而在肇庆，瞿太素吃了闭门羹，不管是两广总督刘继文还是岭西道黄时雨，可能都听说了他的离经叛道之事，拒绝见他。
正当百无聊赖时，他来到肇庆城外一个叫作仙花寺的地方，在这里见到了一个深目高鼻的“怪人”，这人穿着和尚袍子。在交谈中，瞿太素知道他叫利玛窦，是佛郎机人。
历史上中西方科学家的第一次会面就在不经意间发生了。之后，人们记住瞿太素不再是因为他与嫂子通奸的离经叛道，反而是他对于中国科学的贡献。