当传教士陷入明朝官场的内斗，他们的教义就已经不再是一个纯粹的学术问题。徐光启的反驳刚刚发出五天，皇帝还没有答复，方从哲就已经派人去南京抓捕传教士。龙华民得到消息后，立刻决定和同伴艾儒略启程前往北京说明情况，同时将另外两位传教士王丰肃和谢务禄留在南京，留在南京的二人随后被捕。万历四十四年（1616）9月1日，沈㴶对南京的传教士进行抄家。谢务禄由于生病，被留在一间贴了封条的屋内，王丰肃则被抓入监狱。
龙华民到京后，找到了在京主持工作的庞迪我和熊三拔，竭力营救。但这依然无法挽救传教士的命运，万历四十四年底（1617年1月），在独相方从哲的影响下，皇帝终于下诏禁止传教士的传教行为，将北京的庞迪我、熊三拔和南京的王丰肃、谢务禄送往广州，押解出境。
南京的传教士们被关在牢笼中离开南京，押送了整整三十天才到达广州，交给当地的都堂送往澳门。与此同时，南京的教堂也被拆毁。