任何事情都不是铁板一块。皇帝的旨意能够驱逐全部传教士，那也是不现实的。事实上，只有南京认真执行，北京只是象征性地执行，其余各地即便有迫害也并不彻底，大部分传教士藏在信徒的家中躲过了灾难。其中，杭州的杨廷筠庇护了很多人，包括耶稣会的负责人郭居静，以及著名的艾儒略、金尼阁等人；北京的徐光启则在天子脚下将龙华民、毕方济藏在自己的家中。
孙元化是徐光启的学生，对火炮和数学感兴趣。他的遭遇见后文。
天主教在全国各地还在发展之中，许多有影响力的中国信徒不断出现。万历四十七年（1619），咸阳的王徵将传教士带往陕西。天启元年（1621），嘉定建立传教中心，其中的倡导者就是后来明朝的军事家孙元化孙元化是徐光启的学生，对火炮和数学感兴趣。他的遭遇见后文。。同一年，扬州有许多人归附。在本地人马呈秀的帮助下，天主教向陕西和山西传播。而明朝的文人韩云则请传教士艾儒略去往山西绛州。