由于叶向高不断地向皇帝请辞，皇帝只好任命了两位新宰相，其中之一就是一年前还是布衣的方从哲。随后，方从哲更是担任独相。另一位宰相是吴道南，在叶向高离职后不久，他也离职了。
叶向高是一位获得各方支持的宰相，能够调和官僚集团内部的矛盾，他对传教士和新知识也充满了敬意，这是利玛窦能够在北京立足的重要原因之一。叶向高离职后，继任的方从哲却是一位政治素人，他无党无派，得不到实际的权力，于是只能通过贬斥那些老的大臣，培植新人来壮大自己的势力，希图获得足够的权力。于是明朝官场进入一个变动频繁、充满内斗的时期，斗争的结果，就是随着万历皇帝和泰昌皇帝的去世，魏忠贤上台。
在方从哲担任独相的期间，一方面，明朝大量的官位空缺，找不到足够的人才；另一方面，又有许多官员被贬斥。这是因为方从哲的亲信过于小众，无法填补足够的职位。但又有一小撮亲信正在努力地控制并留下他们自己的印记，沈㴶就是方从哲的亲信之一。而徐光启代表的则是叶向高所赞赏的那个集团，他们希望维持明朝政治的连续性，不要将好的传统推翻。