孙承宗这时也采用了孙元化的方案，用红夷大炮构建炮台，建起宁远城。虽然孙承宗由于魏忠贤而去职，但宁远守将袁崇焕依然信任孙元化，采取其战术。宁远城高三丈二尺，雉高六尺，址广三丈，上广二丈四尺，除了高大厚重之外，袁崇焕还采取“以台护铳，以铳护城，以城护民”的原则这个原则的核心是，放弃城外的小寨，把火炮集中起来放在城内的炮台上，将百姓也撤回城内，利用火炮优势集中打击敌人。这与之前明朝分散兵力的做法形成了鲜明的对比。，建起雄伟的炮台。西洋大炮一共有十一门，负责人彭簪和炮手都经过葡萄牙人的训练。
命令之所以是错误的，是因为辽东地区对于燕山防线和北京城有着无比重要的战略意义，只有守住辽东南部，完全掌握临海走廊，才有可能避免仅靠岌岌可危的一条山脉作为防线而失去战略纵深。后来明朝退缩至山海关之后，吴三桂一声令下就可以让清兵入关，恰好说明失去了纵深之后的明朝军事形势的脆弱性。