到了九月初三，由于事起仓促，人们都没有准备足够的口粮，已经饥肠辘辘，只好出来冒死进攻旁边的城池，希望能够找到食物。西班牙人设伏，用铜炮杀死了上万名华人。剩下的人从大仑山逃出，之后饿死在山谷之间。
整个事件导致二万五千名华人丧生，活下来的只有三百人。
华人在菲律宾还于1639年和1662年遭受了两次大屠杀（详情见后文），根据《1493：物种大交换开创的世界史》记载，1686年、1709年、1755年、1763年、1820年也有屠杀。1740年，荷属巴达维亚的红溪惨案则是荷兰殖民者对华人的屠杀。
这是海外华人第一次遭受大屠杀，之后海外华人还遭受过多次屠杀。华人在菲律宾还于1639年和1662年遭受了两次大屠杀（详情见后文），根据《1493：物种大交换开创的世界史》记载，1686年、1709年、1755年、1763年、1820年也有屠杀。1740年，荷属巴达维亚的红溪惨案则是荷兰殖民者对华人的屠杀。海外华人往往在西方和朝廷的夹缝中疲于奔命。
但西方人又离不开华人。东南亚地区由于地域狭小，社会简单，对除了造船之外的手工业、农业和更加复杂的金融业都缺乏积累，西方人要想开发东南亚，就必须依靠华人移民的帮助。在历次屠杀之后，往往又不得不再次引进华人，直到再次发生冲突。