问题首先来自耶稣会本身。利玛窦离开韶州前往北方时，顶替他在韶州职位的是一位叫作龙华民的教士，利玛窦死后接替他出任在华耶稣会会长的也是龙华民。
与利玛窦采取的间接传教策略不同，龙华民更强调直接传教。他信仰坚定，不肯妥协，强调那些与天主教教义冲突的中华民俗（其中最典型的就是祈祷自然神灵和祭奠祖先的行为，另外则是民间的拜菩萨等举动）都是错误的，需要禁止。龙华民的做法使得韶州的佛教徒、儒生以及普通百姓都和天主教徒有了隔阂。
万历三十四年（1606），另一件事情更激化了韶州的问题。在天主教内部有多个团体，最初进入中国的是其中之一的耶稣会。但在耶稣会抢先之后，其他团体诸如奥古斯丁会、方济各会、多明我会等，在进入中国时都遇到了巨大的障碍。虽然耶稣会与葡萄牙人关系密切，但葡萄牙人有时也会支持其他的组织