由于饷银收益归地方政府所有，还引起了地方间的争税现象。在福建，外贸最活跃的是漳州、泉州两地，当地政府都很看重关税，一方面想方设法扩大开放，另一方面指责对方抢夺了自己的贸易，于是有人提议进行规划，比如，去往东洋的船都走漳州，由漳州收税，而去往西洋的船走泉州，由泉州收税。但是人们也知道，这个建议是很难实施的，因为一方面，两个地方不会配合，另一方面，容易让一些非漳非泉的船只偷税漏税。最后这个提议不得不作罢。见《东西洋考·饷税考》。
外贸对于地方的影响，还可以从关税占比中看出来。在万历十三年（1585），福建饷税（海外商税）达二万余两，而其他税收，囊括了铁垆、牛行、渡船、渔税等，全部加起来一共是三万七千七百九十余两。总税收加起来是六万两上下，海外商税占了三分之一，这还是在没有太发力的情况下做到的，并且商税的征税成本也比其他的要低得多。在支出上，水陆官兵的月粮、修船、直器、犒赏费用已经不下六万两，一旦失去了商税，就意味着财政的崩盘，这也是明朝不再继续闭关锁国的原因。