万历三十年（1602），高寀更是采取了新的做法：一旦海外或者国内的商船到来，就先封住，不许一人下船，只有将全部货物清点完毕缴过税之后，才准人下船回家。
在明朝，海商已经有了一定的势力，由于高寀的盘剥过于严重，有人扬言要将其杀掉扔进海里，高寀这才不敢再前往现场督察了。
万历四十二年（1614），由于广东的税吏李凤死了，皇帝想把高寀调往广东。广东的税基更大，更容易收，高寀原本很高兴，福建人也松了口气，以为终于可以摆脱他了。不想广东人听说高寀要来，立刻订立了生死契，表示只要他来到，就揭竿而起，先杀了他再说。高寀为去广东造了两艘大船，但民间传说他要通倭寇。福建都督施德政就借此事扣了他的船，巡抚袁一骥准备搜查船只，抓住他的把柄。
与此同时，同年四月十一日，上百名商人由于高寀欠了他们的钱，到高寀府上要求还钱，数人被杀死。其余人逃出来之后，一面放火，一面集结，第二天就集结了数千人。为了活命，高寀率领二百名士兵来到巡抚院署，劫持了袁一骥。劫持朝廷命官是谋反之罪，我们从中也能看出当时斗争之激烈——地方官和中央特派官几乎兵戎相见。由于担心民众杀死高寀而无法向皇帝交代，最后地方官员劝说民众离开