利玛窦进入北京之后的几年，是大翻译运动顺利实施的开端。到万历三十八年（1610）去世时，他的朋友已经遍布天下。他去世后，皇帝赐给他墓地。在首辅叶向高等人的斡旋下，皇帝赐给他墓地，开创了北京传教士墓地之先。利玛窦在韶州时，在瞿太素的引荐下认识了南雄府尹王应麟，双方成为挚友。利玛窦去世时，王应麟已经升任顺天府尹，他发布文告并刻在石头上，立在利玛窦的墓旁，上面用简洁的语言庄重地写下利玛窦的生平，以及利玛窦给中国社会带来的非同一般的深远影响。
利玛窦去世后，东西方学者间的和睦又持续了一段时间。他去世的同年12月，北京发生了一次日食，但传统的历法并没有准确地预测到这次日食的时间，这件事证明中国原有的历法已经过时。徐光启立刻意识到这是一个好机会，在此之前，传教士们的科学理论虽然显得光鲜亮丽，可如果科学没有办法带来实用性，就不可能让太多的人产生兴趣。而要让西方科学在东方落地，历法显然是一个很好的突破口，能够让人们意识到那些玄而又玄的数学知识和天文学知识的确是有用的。