政府从商业中抽税的举动也是逐渐完善的。隆庆六年（1572），漳州知府罗青霄请求将税收正规化，恢复商税这个名目，负责商税的主政官员称海防大夫。
开关后，民间船只如果参与对外贸易，需要向政府纳税，主要有引税、水饷、陆饷、加增饷这几种。
所谓“引税”，就是船只出海，必须获得政府颁发的许可证，称为“船引”，购买许可证的费用就是“引税”。这种税最早由中丞刘尧诲在万历三年（1575）请求设立，当时叫作“船税”，为的是筹措军饷，每年定额六千两。后来，同知沈植条陈海禁便宜十七事，著为令，设立引税。每船发放一引，东洋和西洋每引税银三两，鸡笼和淡水一两，后来由于财政的需要，各自翻倍。到了明万历十七年，中丞周寀又提议限定每年出海的船只数量，设为八十八引，后来改为一百一十引。